Jusqu’à aujourd’hui, Mgr Mulhall a été au service de l’Église catholique soit dans son diocèse natal de Peterborough soit à Rome. Après avoir été ordonné prêtre pour le diocèse de Peterborough en 1989, Mgr Mulhall est retourné à Rome poursuivre ses études théologiques à l’Augustinianum tout en suivant le programme de formation du Collège nord-américain.

En s’inscrivant à la licence en théologie (S.T.L.), Mgr Mulhall s’engageait dans un programme de deux ans pour aborder plus en profondeur les questions théologiques et creuser la méthode scientifique en théologie. Les diplômés de ce programme peuvent enseigner la théologie au collège, au séminaire ou à l’université, devenir aumôniers de diverses associations professionnelles ou agir comme personne ressource en théologie dans un diocèse.

Mgr Mulhall est revenu dans le diocèse de Peterborough en 1991 et il a été curé à Huntsville jusqu’en 1994.

Cette année-là, il est retourné à Rome une troisième fois, pour travailler au service du Saint-Siège à la Congrégation pour les Églises orientales. Ce dicastère, établi par Benoît XV en 1917, a pour mandat de rester en contact avec les Églises catholiques orientales afin de les assister dans leur croissance, de protéger leurs droits et de préserver l’héritage des diverses traditions chrétiennes orientales. À ce titre, la Congrégation exerce une juridiction exclusive sur des territoires comme l’Égypte et la péninsule du Sinaï, Chypre, la Grèce, l’Iran, l’Iraq, le Liban, la Palestine, la Syrie, la Jordanie et la Turquie. Ses responsabilités reflètent la réalité complexe des Églises d’Orient relativement à leurs contextes géographique, culturel et social.

En 2002, Mgr Mulhall est revenu vivre dans son diocèse d origine, où il a exercé le ministère un certain temps à Huntsville puis à Hastings. Un an plus tard, on lui confiait le poste de chancelier aux affaires spirituelles et, l’année suivante, il devenait vicaire général du diocèse. Il a occupé cette fonction jusqu’au 30 juin de cette année, lorsqu’il fut nommé évêque de Pembroke par le pape Benoît XVI.